印巴冲突的历史根源主要是以下因素：

克什米尔归属问题

• 分治方案遗留难题：1947年，英国公布《蒙巴顿法案》，将英属印度按宗教信仰分为印度和巴基斯坦两个自治领。克什米尔地区77%的人口为穆斯林，倾向加入巴基斯坦，而克什米尔土邦王是印度教徒，最后倾向加入印度，导致克什米尔的归属问题未能得到解决，为印巴冲突埋下了伏笔。

• 三次印巴战争未决争端：第一次印巴战争后，印度控制了克什米尔约3/5的土地和3/4的人口，其余由巴基斯坦控制，但克什米尔的归属问题双方未达成统一意见。第二次印巴战争后签署的《塔什干宣言》和第三次印巴战争后签署的《西姆拉协议》，都要求双方通过和平手段解决争端，但关键的克什米尔归属问题始终未得到根本解决。

宗教矛盾

印度主要信仰印度教，巴基斯坦以伊斯兰教为主。英国殖民统治时期，就利用宗教差异实行“分而治之”政策，加剧了印度教徒与穆斯林之间的矛盾。印巴分治时，大规模的宗教冲突和人口迁移，进一步加深了双方的仇恨和对立，使得宗教矛盾成为印巴冲突的一个重要历史根源。

英国殖民统治的影响

英国在印度的长期殖民统治，在政治、经济、社会等方面对印度次大陆产生了深远影响。英国在撤离印度时，没有妥善处理好印巴分治的相关问题，而是仓促制定方案，人为地将具有复杂历史、文化和民族背景的地区进行分割，导致了一系列边界划分、资源分配等问题，为印巴冲突埋下了隐患。